Фамилия Ванюковы (в мужском варианте — Ванюков) образована по самой распространённой в русском языке модели: от имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Ванюков буквально значит «сын Ванюка» или «потомок Ванюка».

Основа фамилии — имя Ванюк. Это народная, разговорная форма церковного имени Иван (канонически — Иоанн). Имя Иван пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка, где Йоханан означает «Яхве (Бог) смилостивился», «Божья милость». Ванюк — один из множества уменьшительных и производных вариантов, которые давали Ивану в крестьянской и мещанской среде: Ваня, Ванюта, Ванюха, Ванюша. Суффикс -юк (как и -ук, -чук) особенно характерен для южнорусских и украинских говоров, поэтому можно предположить, что корни рода Ванюковых — с юга России или из украинских земель, где такие формы имени были особенно ходовыми.

О точном времени и месте возникновения фамилии Ванюков сегодня говорить сложно: процесс закрепления фамилий в разных сословиях шёл с XV по XIX век. Крестьяне центральных и южных губерний часто получали фамилии лишь после отмены крепостного права в 1861 году, так что Ванюковы как крестьянский род могли оформиться именно тогда. Если же предки были служилыми людьми или посадскими, фамилия могла появиться на пару столетий раньше.

Стоит заметить, что фамилия не уникальна: в старых документах встречаются и Ванюковы, и Ванюковы с ударением на разные слоги. В некоторых говорах имя Ванюк могло закрепиться и как прозвище — например, так могли назвать человека, который часто поминал Ивана или сам был похож на типичного «Ваньку» (простец, добродушный малый). Но основная и самая вероятная версия — отчество от имени Ванюк, и в этом качестве фамилия Ванюков входит в обширное семейство «ивановских» фамилий (Иванов, Ваньков, Ванеев, Ванютин), сохраняя при этом свой южнорусский оттенок.