Фамилия Вараченков — один из тех случаев, где на первый план выходит не корень, а суффикс, который многое говорит о происхождении рода. Модель образования здесь двойная: сначала от прозвища или имени Варач (или Варака) с помощью суффикса -енк-, а затем уже от этой формы — стандартный патронимический суффикс -ов. Суффикс -енк- в русских фамилиях чаще всего указывает на украинское или белорусское происхождение основы: в тех говорах он означал «маленький», «сын» или «молодой» (ср. фамилии Коваленко, Бондаренко, но в адаптированной русской форме — Коваленков, Бондаренков). Таким образом, Вараченков — это «сын (потомок) Варача», а сама фамилия, скорее всего, оформилась уже на великорусской почве, когда к украинской основе добавили привычный для севера суффикс -ов.

Корень «варач-» неочевиден. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «варакать» (или «варачить») — говорить невнятно, бормотать, а также делать что-то кое-как, наспех. В северных и сибирских говорах «варака» — это врун, пустомеля или небрежный работник. Прозвище Варач могли дать человеку с нечеткой речью или тому, кто работал спустя рукава. Менее распространенная версия — от имени Варфоломей в его просторечной форме Варах (через Варфоломей → Варах → Варач), но это менее убедительно, так как перехода «х» в «ч» в русских говорах почти не встречается.

Географически фамилия редкая и явно привязана к регионам, где пересекались русские и украинские диалекты — юг России, Курская, Воронежская области, а также Смоленщина и Брянщина. Вараченковы не были ни дворянами, ни духовенством: суффикс -енк- в сочетании с -ов типичен для крестьянских и мещанских фамилий, которые закрепились поздно, в XVIII–XIX веках, когда крепостным начали массово давать фамилии по прозвищам отцов. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был простым человеком, известным в своей деревне как Варач — за характер или манеру речи.