Фамилия Вардапетян — типичная армянская родовая фамилия, образованная от прозвища Вардапет с помощью патронимического суффикса -ян (в диалектных вариантах также -янц). В армянской традиции такие форманты первоначально означали «из семьи таких-то» или «из рода таких-то», поэтому фамилия буквально переводится как «принадлежащий к роду Вардапета».

Основа фамилии восходит к древнеармянскому слову «вардапет» — высшему учёному званию в Армянской апостольской церкви. Его присваивали представителям чёрного духовенства, учёным монахам и проповедникам, признанным знатокам Священного писания и толкователям церковного предания. Скорее всего, прозвище Вардапет получил предок, носивший этот титул. Интересно, что слово «вардапет» имеет иранские корни и буквально означает «учитель» или «наставник», что подчёркивает образовательную и духовную роль носителей этого звания.

Среди известных однофамильцев — Гамлет Арутюнович Вардапетян, доктор физико-математических наук, работавший в Парижском институте Орсея ядерной физики (1952–1958). Его пример показывает, что фамилия, изначально связанная с духовным званием, сегодня встречается и в светской научной среде.