Фамилия Вардоева — женская форма фамилии Вардоев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. В центре внимания здесь необычный корень «Вард-», который сразу выбивается из ряда привычных славянских основ вроде «Иван», «Пётр» или «Кузнец». Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, корни которой уходят в тюркские или кавказские языки.

Самая вероятная версия связывает фамилию с грузинским или армянским именем Вардан (или Вард). В переводе с древнеперсидского «вард» означает «роза». В Грузии и Армении имя Вардан широко распространено, и от него образованы фамилии с суффиксами принадлежности. Русский суффикс «-ев» в данном случае просто русифицировал исходную основу, подогнав её под модель русских фамилий (как у Иванов, Петров). Таким образом, Вардоев — это «сын Вардана» или «потомок Варда».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с осетинским словом «уардон» (арба, телега) или с тюркским «варда» (стражник, охрана). В таком случае фамилия могла указывать на род занятий предка: возница или стражник. Однако эти версии слабее, потому что в них сложнее объяснить конечное «-оев», которое типично именно для русификации грузинских и армянских фамилий (ср. Орбелиани → Орбелианов, но чаще просто усекали суффикс).

Встречаемость фамилии Вардоева в России невысока, она тяготеет к южным регионам — Краснодарскому краю, Ставрополью, Ростовской области, где исторически велик процент армянского и грузинского населения. Носительницы фамилии могут быть потомками переселенцев с Кавказа, которые в XIX–XX веках обрусели, сохранив родовое имя в качестве фамильной метки.