Фамилия Варгаузин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, эта прямо указывает на место, откуда родом её первый носитель.

Основа — топоним Варгауза (Vargauža), который встречается в Латвии. Это название хутора или небольшого поселения. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — варгаузин, то есть «человек из Варгаузы». Модель типична для фамилий, возникших на северо-западе России и в Прибалтике, где балтийские (латышские, литовские) названия легко встраивались в русскую словообразовательную систему.

Сам топоним Варгауза, скорее всего, восходит к латышским корням: vārga — «слабый, хилый» или vārgs — «бедный, убогий». Второй вариант — от vārga (диалектное) со значением «плетень, изгородь». То есть название хутора могло означать либо «бедное место», либо «место у плетня». Никакого отношения к «варганам» или «варварству» эта фамилия не имеет — народная этимология здесь ошибочна.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — Латгалия (историческая область Латвии), а также Псковская и Ленинградская области России. Носители Варгаузиных — потомки крестьян или мещан, переселившихся из прибалтийских губерний в центральные регионы во второй половине XIX — начале XX века. Сословная принадлежность не фиксируется как исключительная: среди Варгаузиных были и государственные крестьяне, и городские обыватели.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово покрыли центральную Россию, фамилия Варгаузин сохранила локальную привязку и не «растворилась» в общерусском массиве. Это редкий случай, когда по фамилии можно с высокой точностью определить не только регион, но и конкретный хутор, откуда пошёл род.