Фамилия Варшуков — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская основа. Сразу видно, что фамилия образована по стандартной модели: корень + суффикс -ов, то есть «чей?» — «сын Варшука». А вот сам Варшук — это и есть ключ к разгадке.

Самое вероятное объяснение — фамилия имеет финно-угорские корни, скорее всего, карельские или вепсские. В карельском языке есть слово «varšu» — «жеребёнок». Уменьшительная форма «varšukka» или «varšukko» могла стать прозвищем: Варшук — «жеребёночек», то есть молодой, резвый, необузданный человек. Такие прозвища по названиям детёнышей животных были распространены у народов Севера и Северо-Запада. Позже, когда носитель прозвища попал в русскоязычную среду, к основе добавили типичный русский фамильный суффикс -ов, получив Варшуков.

Вторая, менее вероятная версия — отчество от церковного имени Варсонофий в его просторечной форме Варшук. В русских говорах имя Варсонофий могли сокращать до Варша, Варшук, но это скорее исключение, чем правило, и встречается редко.

Географически фамилия Варшуков тяготеет к северным регионам — Архангельской, Вологодской областям, Карелии. Это подтверждает первую версию: именно там веками жили карелы и вепсы, и их прозвища переходили в русские фамилии. В центральных и южных областях фамилия практически не встречается.

По сословной принадлежности предки Варшуковых, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия редкая, не попала в массовые списки, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода из небольшой деревни.