Фамилия Варта — редкий пример, когда фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский) и представляет собой «голую» основу, застывшую в именительном падеже. Такие фамилии чаще всего либо искусственно русифицированы (например, в духовных училищах), либо имеют иностранные корни и были записаны без адаптации. В случае с Варта мы имеем дело скорее со вторым вариантом.

Наиболее вероятное происхождение — от армянского мужского имени Варта (или Вардан), которое восходит к древнеперсидскому слову со значением «роза» или «дар розы». В армянской традиции имя Вардан (и его краткая форма Варта) было очень распространено. Если предок носителя фамилии был армянином, то фамилию могли записать как Варта, отбросив окончание -н (как это часто делали в русских документах с нерусскими фамилиями). В этом случае фамилия означает «потомок Варты» или просто «Варта» (как прозвище по имени).

Другой, менее очевидный вариант — связь с немецким словом Warte («сторожевая башня», «наблюдательный пункт»). В России были поселения немецких колонистов, и фамилия Варта могла возникнуть как прозвище человека, жившего у сторожевой вышки или служившего сторожем. Однако в немецком языке такая фамилия обычно имела бы окончание -er (Warter), поэтому версия с армянским именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Варта встречается единично и не привязана к какому-то одному региону России — это говорит о том, что она не образовалась массово на какой-то территории, а была принесена отдельными семьями. Встречается она и в Армении, и в диаспоре, что подтверждает первую версию. По сути, это фамилия-имя, которая сохранила звучание исходного личного имени без изменений — редкий случай в русской ономастике.