Фамилия Варзупин — один из тех редких случаев, когда разбор начинается не с корня, а с географической привязки. Её основа — топоним Варзуга. Так называется река и старинное село на Терском берегу Белого моря, в Мурманской области. Жителей этих мест в прошлом называли варзужанами, а выходца оттуда могли прозвать Варзугой или Варзупой. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «сын Варзупы» или «человек из семьи Варзупиных».

Почему именно Варзупин, а не более привычное Варзугин? Здесь работает редкая для русских фамилий словообразовательная модель. В северных говорах, особенно поморских, от названий рек и сёл нередко образовывали прозвища с суффиксом -уп(а): Варзуга → Варзупа. По такому же принципу возникли фамилии Кандауров (от Кандалакша), Умбин (от Умба). Переход «г» в «п» в данном случае — не ошибка, а диалектная особенность произношения, закрепившаяся в прозвище.

Первые носители фамилии, скорее всего, были выходцами из села Варзуга — одного из древнейших поселений Кольского полуострова, известного с XV века. Это поморы, занимавшиеся рыбным промыслом, солеварением и морской торговлей. Фамилия Варзупин фиксируется в метрических книгах Архангельской губернии, что подтверждает её северное происхождение.

Версия о том, что в основе фамилии лежит личное имя Варфоломей (в просторечии Варзупа), менее вероятна. Хотя такие сокращения встречались, для поморской ономастики характернее связь с топонимом. Тем более что фамилия Варзупин практически не встречается за пределами Русского Севера, что укрепляет версию о «географическом» корне.

Фамилия остаётся редкой и сегодня. Её носители — потомки тех самых поморов, чьи предки жили на берегах Варзуги, ловили сёмгу и ходили на промысел в студёное море.