Фамилия Вацковские (в мужском роде — Вацковский) относится к группе фамилий, образованных от названия местности, — типичная модель для польской, украинской и белорусской ономастики. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение в прошлом, хотя со временем такие фамилии распространились и среди других сословий. В основе фамилии лежит топоним Вацково — деревня в Житомирской области Украины. Предок, получивший прозвище Вацковский, скорее всего, был выходцем из этого села или владел там землёй.

Само название деревни образовано от имени Вацко — уменьшительной формы от Вацлав, западнославянского варианта имени Вячеслав. Вячеслав — древнее славянское двухосновное имя: первая часть «вяче» (или «вяще») означает «больше, более», вторая — «слава». Таким образом, значение имени — «более славный», «наиславнейший». Имя было популярно в Чехии и Польше, а на украинских землях встречалось как Вацлав или Вацко.

Фамилия Вацковский фиксируется в исторических источниках. Например, в Книге памяти Республики Польши упомянут Вацковский Иван Иосифович, 1892 года рождения, рабочий с хутора Буймер Коростышевского района Житомирской области. Эта запись подтверждает связь фамилии с Житомирщиной — регионом, где находится деревня Вацково. Точное время возникновения фамилии установить сложно: фамилии на -ский активно формировались в XV–XVII веках, но процесс растянулся на столетия. Однако ясно, что Вацковские — часть славянского ономастикона, где географическая привязка и личное имя предка слились в одну устойчивую фамилию.