Фамилия Вацкова — женская форма от Вацков, а её основа восходит к имени или прозвищу Вацко. Это уменьшительная форма от канонического имени Вацлав (чешская и польская форма имени Вячеслав). В русской среде имя Вячеслав было распространено издавна, а его западнославянский вариант Вацлав мог попасть в обиход через контакты с поляками, чехами или через католические регионы западных губерний Российской империи. Суффикс -к- в основе (Вацко) характерен для обиходных, домашних имён: так на Руси звали человека по имени Вацлав или Вячеслав в кругу семьи и соседей.

Словообразовательная модель проста: к основе Вацк- добавили типичный русский фамильный суффикс -ов, получив Вацков, а затем — окончание женского рода -а. Такая модель — одна из самых массовых в русской ономастике, но основа здесь нечастая. Фамилия Вацков и её производные встречаются реже, чем, скажем, Вячеславов, что указывает на возможное региональное происхождение — скорее всего, из западных или юго-западных областей, где ощущалось польское или чешское влияние.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «вацкать» — в некоторых говорах так называли небрежную, медлительную работу или возню. Если прозвище Вацко дали человеку за манеру делать всё неспешно или неаккуратно, то фамилия отражала бы не имя, а бытовую характеристику. Однако первая гипотеза — от имени Вячеслав через западнославянскую форму — выглядит убедительнее, поскольку в основе лежит реальное крестильное имя, а не редкий глагол.

Сословной привязки у фамилии нет: Вацковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством. В метрических книгах XIX века эта фамилия изредка фиксируется в Могилёвской, Витебской и Смоленской губерниях — на территориях, где пересекались русская и польская традиции. Именно там уменьшительное Вацко от Вацлава было вполне естественным.