Фамилия Вацкая — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. С точки зрения словообразования это типичная «географическая» фамилия: суффикс -ск- указывает на связь с местностью, окончание -ая — на женский род (для мужского варианта было бы Вацкий). Такие фамилии обычно получали дворяне по названию своих поместий или выходцы из определённого села или города.

Самая прямая версия: предок носителя фамилии был родом из населённого пункта с основой «Вацк-». На карте Восточной Европы таких топонимов немного, но они есть. Например, в Польше существует деревня Вацки (Wacki) — сейчас это Подляское воеводство, исторически территория Речи Посполитой. Если фамилия действительно польского или западнорусского происхождения, то её основа могла восходить к личному имени Вацлав (Wacław) — сокращённая форма «Вацек» (Wacek) дала прозвище, а от него — название поселения «Вацки» и, соответственно, фамилию «Вацкий/Вацкая».

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от корня «вак-» в значении «кривой, хромой» (ср. диалектное «ва́кать» — шататься, ковылять). В этом случае суффикс -ц- мог быть уменьшительным или прозвищным (Ва́цкий — «кривоватый, прихрамывающий»). Но для фамилий на -ский такая модель нетипична: прозвища с этим суффиксом обычно закреплялись за целым родом, а не за одним человеком, поэтому географическая версия выглядит убедительнее.

Фамилия Вацкая не относится к числу распространённых. В дореволюционных списках она могла встречаться среди мелкопоместной шляхты западных губерний (Виленской, Гродненской, Минской) или у крестьян, переселившихся из польских земель в Российскую империю. В современной России её носители живут преимущественно в центральных регионах и на юге, но численность остаётся низкой.