Фамилия Вайкшнор — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка литовское, и разобрать её можно как сложное прозвище-композит, состоящее из двух корней.

Первый компонент, скорее всего, восходит к литовскому глаголу vaikščioti — «гулять, ходить, бродить, курсировать». Второй корень — noras, что значит «желание», «охота». Соединив их, получаем прозвище вроде «Любящий ходить» или «Охотник до прогулок». Так могли назвать человека, который предпочитал передвигаться пешком, любил долгие переходы или просто часто отлучался из дому. В литовской антропонимии такие двухосновные прозвища не редкость, хотя обычно они строились на именах (Гинтаутас, Витаутас), а не на бытовых характеристиках, что делает Вайкшнор оригинальным примером.

Есть и другая версия, менее убедительная с точки зрения словообразования. Первую часть иногда возводят к литовскому vaikas — «дитя, ребёнок». Тогда всё прозвище можно истолковать как «Дитя желания» — то есть долгожданный, вымоленный ребёнок. Однако в литовском языке прилагательное или существительное vaikas редко становится первой частью сложного прозвища в такой конструкции; обычно оно стоит отдельно или входит в состав фамилий типа Вайкявичюс. Версия с vaikščioti выглядит естественнее именно потому, что объясняет фамилию через действие — постоянный признак поведения, а не через статус.

Фамилия оформлена русским суффиксом -ов, который добавился при адаптации литовского прозвища в русскоязычной среде. Встречается она почти исключительно на территориях, исторически связанных с Литвой и Беларусью — бывших землях Великого княжества Литовского. В современной Литве аналогичная фамилия могла бы звучать как Вайкшнорас, но утрата окончания и русификация дали нам привычную форму Вайкшнор.