Фамилия Вайкина — женская форма фамилии Вайкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Вайка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вайкин буквально значит «сын Вайки» или «человек из семьи Вайки». Такая модель типична для русских фамилий, но сама основа неочевидна.

Самая вероятная версия: Вайка — это краткая форма от канонического имени Валентин (через обиходные Валя, Вайка). В русских говорах имя Валя действительно могло звучать как Вайка, особенно в северных и сибирских регионах, где «аканье» и замена «л» на краткий звук «у» или «й» встречались. Тогда Вайка — уменьшительно-ласкательное производное, а Вайкины — потомки человека по имени Валентин.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с финно-угорскими корнями. В карельском и вепсском языках «вайка» может означать «маленький», «кроха», или быть вариантом личного имени Вайно. Однако для русской фамилии с суффиксом -ин такая этимология менее типична, хотя не исключена на территориях бывшего Новгородского Севера или Заонежья, где славянское и финское население веками жило рядом.

Фамилия Вайкина (и Вайкин) встречается в основном в центральной России и на Урале, но не относится к массовым. Среди её носителей нет громких исторических фигур, известных широкой публике, — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, закрепившаяся после отмены крепостного права. В документах XIX века Вайкины могли записываться как в форме с «о» (Войкин), так и с «а», что отражает местное произношение.