Фамилия Вайкова — женская форма фамилии Вайков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем основателя рода. В основе лежит слово «вайка», которое в русских говорах имело несколько значений, и здесь важно отделить вероятное от надуманного.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к диалектному глаголу «ваять» — делать, мастерить, создавать. В северных и сибирских говорах «вайкой» могли называть искусного мастера, резчика по дереву или вообще умельца. В таком случае фамилия Вайков — это профессиональное прозвище, аналогичное Столярову или Кузнецову, но с местным колоритом. Модель образования простая: основа «вайк-» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на «сына Вайка» или «потомка человека по прозвищу Вайка». Суффикс -к- в основе — уменьшительный или прозвищный, что характерно для русских фамилий (сравните: Козлов от Козёл, но Козликов от Козлик).

Есть и другая, менее распространённая версия — от финно-угорского корня. В карельском и вепсском языках «vajk» или «vaika» означает «тихий», «спокойный». На Русском Севере, где столетиями жили рядом русские и прибалтийско-финские народы, такие заимствования в прозвищах не редкость. Тогда Вайков — это «сын тихого человека». Эта версия слабее, потому что фамилия Вайков встречается и в центральных областях России, где финно-угорский субстрат минимален.

С географией у фамилии всё просто: Вайковы — не массовая фамилия. Основные очаги — Вологодская и Архангельская области, а также отдельные семьи в Сибири, куда переселенцы с Севера уходили в XVII–XIX веках. В центральной России фамилия редка, что подтверждает её северное происхождение.

В церковных метриках XIX века форма Вайкова встречается реже, чем мужская Вайков, и обычно в документах не склонялась — писали «крестьянка Вайкова» или «мещанка Вайкова». В современном употреблении фамилия склоняется по общим правилам: нет Вайковой, дать Вайковой.