Фамилия Вайков — это «акающий» вариант фамилии Войков. На письме и в произношении буква «о» перешла в «а», что характерно для некоторых южнорусских и среднерусских говоров. В основе лежит имя Войко — уменьшительная форма от древнерусского имени Воин. Это имя давали при крещении, но на Руси оно существовало и как мирское, прозвищное. Дело в том, что некоторые святые имели при имени дополнительное прозвание по роду деятельности или особенности: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин. Иногда малограмотные священники вписывали в метрику не само каноническое имя, а это прозвание — так и появлялись люди, официально записанные как Воин. От них и пошли фамилии Войков и, в акающем произношении, Вайков.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — «Вайков» означает «сын Вайка» (то есть Войка). Процесс формирования фамилий был долгим, поэтому назвать точное место и время возникновения фамилии Вайков сложно. Однако по говору можно предположить, что её носители происходят из мест, где было принято «аканье» — например, из южных областей или из центральной России.

Фамилия редкая, и её написание часто путают с более распространённой Войков. Если вы встретите в дореволюционных документах «Вайков», это не ошибка писаря, а сознательная передача живого произношения.