Фамилия Вайкин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса принадлежности -ин. Он указывал на родство или свойство: «чей?» — Вайкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Вайка. Именно в этой основе — Вайка — и кроется главный вопрос.

Скорее всего, Вайка — это обиходная, разговорная форма крестильного имени Вениамин. Образование кратких и уменьшительных имён через суффикс -к- (Ваня — Ванька, Степан — Степка) было повсеместным в русской деревне до XX века. Вениамин — имя древнееврейского происхождения, означающее «сын правой руки» или «счастливый сын». В просторечии оно давало целый ряд производных: Веня, Венька, а в диалектах с характерным «аканьем» и смягчением — Вайка. Такое стяжение (Вениамин → Вайка) не редкость: ср. Авдей → Айка.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «вайкать» означало кричать, плакать, издавать жалобные звуки (от звукоподражания «вай-вай»). Тогда Вайкой могли прозвать капризного, плаксивого ребёнка или взрослого, склонного к нытью. Однако прозвища с чисто отрицательной окраской реже становились основой фамилий, чем сокращённые имена, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия Вайкин — типично русская по форме, но встречается нечасто. Её география размыта: отдельные носители есть и в центральных областях России, и на Урале, и в Сибири, куда фамилия могла попасть вместе с переселенцами. По сословной принадлежности предки Вайкиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии на -ин в этой среде составляли большинство.

В написании фамилии возможны варианты: Вайкин (с «и» под ударением) и реже Вайкин (с ударением на первый слог). Ударение на «и» — литературная норма, но в живой речи встречаются оба варианта. Однокоренные фамилии — Вайков, Вайковский — встречаются ещё реже и могут иметь другую природу (например, от тюркского «вай» — горе, беда).