Фамилия Вайгин — редкий случай, когда географический и языковой следы почти наверняка ведут к финно-угорскому субстрату русского Севера. Её основа — не славянское имя или прозвище, а, скорее всего, карельское или вепсское слово «vaigu» (вайгу), что означает «пень» или «коряга». В диалектах Русского Севера, особенно в Заонежье и Прионежье, это слово закрепилось как прозвище — Вайга, Вайго. Так могли назвать коренастого, крепкого человека либо того, кто жил на вырубке, у пня.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Вайгин — «сын Вайги» или «из семьи Вайги». В севернорусской ономастике такие фамилии на -ин от нецерковных прозвищ — обычное дело, но основа здесь не славянская, а субстратная. Сравните с фамилиями Вайгачёв, Вайгулов — у них та же корневая группа, привязанная к тем же территориям.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прибалтийско-финским именем Вайно (Väinö), популярным в Финляндии и Карелии. Но форма «Вайгин» скорее указывает на более короткую, бытовую основу «Вайга», а не на полное имя. Если бы исходником было Вайно, мы бы ожидали фамилию Вайнин или Вайнов.

Географически фамилия Вайгин тяготеет к Карелии, Архангельской и Вологодской областям. В дореволюционных переписях она фиксировалась среди государственных крестьян Олонецкой губернии — тех самых, кто жил в лесной зоне, занимался рубкой леса, земледелием на подсеках, рыболовством. Никакого дворянства или купечества за этой фамилией не числится, что логично: прозвище «пень» вряд ли дали бы боярину.

Написание фамилии устойчивое, через «а» в первом слоге. Варианты вроде Войгин или Вайген встречаются, но как ошибки писцов. В современной России фамилия малочисленна, но не исчезла — носители живут в тех же северных регионах и в Санкт-Петербурге, куда многие переселились в XX веке.