Фамилия Вайков — это «акающий» вариант фамилии Войков. Произносили её на южнорусский манер: вместо «о» говорили «а», а на письме это закрепилось. В основе обеих фамилий лежит имя Войко — уменьшительная форма от древнерусского имени Воин.

Имя Воин появилось на Руси не случайно. В святцах встречались прозвания святых по их заслугам или роду занятий: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин. Иногда малограмотные священники, записывая младенца, давали ему не каноническое имя, а такое прозвание. Так имя Воин стало вполне официальным, хоть и редким. От него и пошли уменьшительные формы — Войко, Войка.

Фамилия Вайков строится по простой модели: к основе Вайк- (акающий вариант Войк-) добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Вайков, то есть сын или потомок Вайка (Войка). Такая словообразовательная схема — одна из самых распространённых в русских фамилиях, но здесь интересна именно фонетическая замена гласного, которая выдаёт диалектную черту предков.

С географической точки зрения фамилия Вайков встречается реже, чем Войков. Если Войковы чаще попадаются в центральных и северных областях России, то Вайковы тяготеют к южным регионам — там, где аканье было нормой. Встречается фамилия и в среде поволжских татар, но в этом случае её могли образовать от тюркского личного имени Вай (означающего «опора», «защита») с тем же русским суффиксом -ов. Это пример того, как похожая по звучанию фамилия может иметь разное происхождение у разных народов.

Что касается социального статуса первых носителей, то имя Воин не было княжеским или боярским. Чаще его давали в крестьянской и посадской среде, иногда — казакам. Поэтому предки Вайковых, скорее всего, были простыми людьми: землепашцами, ремесленниками или служилыми людьми «по прибору». Никаких громких титулов за этой фамилией не числится, что делает её типичной для основной массы русского населения.