Фамилия Вечерникова образована от прозвища или мирского имени Вечерник. В русской традиции так называли человека, родившегося вечером, либо того, чья деятельность приходилась на вечернее время. Основа фамилии — прилагательное «вечерний» с суффиксом -ик, указывавшим на лицо: вечерник — «вечерний человек». Суффикс -ов в финале фамилии — стандартный патронимический показатель, означающий «сын Вечерника» (в женском роде — Вечерникова).

В отличие от более распространённых фамилий на -ин (Вечерин, Вечеркин), форма с -ов встречается реже и указывает на более позднюю или севернорусскую фиксацию. В некоторых говорах «вечерник» означало не только «рождённый вечером», но и «гость, приходящий на вечерние посиделки», или даже «поздний работник» — тот, кто трудился при свечах, когда остальные уже отдыхали. Поэтому предок мог быть не просто человеком с приметой по времени появления на свет, а, скажем, сторожем, пастухом, который загонял скот на ночь, или участником вечерних гуляний.

Географически фамилия Вечерниковых встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где «вечерник» как прозвище бытовало в крестьянской среде. Сословно — почти всегда крестьяне или мещане, без дворянских корней. Интересно, что в некоторых документах XVIII–XIX веков фамилия писалась через «о» — «Вечерниковъ», но встречается и вариант «Вечерникова» как женская форма, закрепившаяся в современном паспортном виде.

Спорных версий немного: некоторые любители связывают фамилию с названием растения «вечерница» (ночная фиалка), но это натяжка — прозвище от растения образовывалось бы через суффикс -ин (Вечерницын), а не -ов. Более правдоподобно, что Вечерников — это «сын того, кто вечером родился или вечером промышлял».