Фамилия Ведерин образована от прозвища или нецерковного имени Ведера. В русских говорах «ведеря» или «ведера» — это человек, который делал вёдра, то есть бондарь, специализировавшийся именно на этой посуде. Однако у слова был и переносный смысл: «ведёрный» могло означать «щедрый», «полный» (как полное ведро), а в некоторых диалектах — наоборот, «пустой», «бестолковый» (от выражения «пустое ведро»). Какое из значений легло в основу прозвища, сказать трудно, но ремесленная версия выглядит убедительнее: бондарное дело было распространено, и фамилии от названий профессий давали часто.

Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — Ведерин значит «сын Ведери» или «работник Ведери». Такая патронимическая форма типична для северных и центральных областей России, где -ин конкурировал с -ов. Интересно, что фамилия Ведерин встречается реже, чем однокоренные Ведерников или Ведеркин, и это может говорить о её более локальном бытовании — например, в Вятской или Архангельской губерниях, где диалектное слово «ведера» фиксировалось этнографами.

Есть и альтернативное объяснение: основа могла пойти от имени Ведер, которое в старину иногда давали как охранительное — чтобы ребёнок рос «полным», как ведро воды. Но эта версия менее обоснована, так как имя Ведер ни в святцах, ни в берестяных грамотах не встречается, а прозвищная традиция для таких фамилий — основной путь.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком: суффикс -ин присоединён не к основе Ведер- (как в Ведеров), а к форме Ведера, что подчёркивает её прозвищное, а не отчество-отцовое происхождение. В современных носителях фамилии нередко путают ударение: одни ставят его на первый слог (Ве́дерин), другие на второй (Веде́рин). Исторически правильнее первый вариант, так как в основе — слово «вёдро» (устаревшее «ведро») с ударным корнем.

Социальный состав предков Ведериных, скорее всего, был крестьянским или посадским: бондари, ремесленники, реже — однодворцы. Дворянских родов с этой фамилией в родословных книгах не зафиксировано, что тоже подтверждает её «низовое» происхождение.