Фамилия Верхововые — редкая форма, восходящая к более распространённой Верховов. В её основе лежит прозвище Верховой. Самая прямая версия: так называли человека, который жил или работал «на верху» — в верхней части села, на возвышенности. Второе значение, связанное с работой на высоте (строитель, кровельщик), тоже правдоподобно, хотя встречается реже. Существует и третья гипотеза: Верховым могли прозвать человека, занимавшего высокое положение в общине, — своего рода «верхушку». Но здесь важно не путать с фамилиями княжеского происхождения: прозвище Верховой скорее указывало на бытовую или социальную роль, чем на титул.

Окончание -ые (Верхововые) — характерная черта северных и северо-восточных русских говоров. Такие фамилии на -их/-ых (Верховых, Верховые) закреплялись в родительном падеже множественного числа и отвечали на вопрос «чьи?»: члены семьи Верховых. Форма Верхововые — вариант того же типа, но с суффиксом -ов-, что встречается реже. Она указывает на коллективную принадлежность: «из дома Верхововых». Географически такие фамилии чаще всего встречаются в бывших владениях Новгорода и Вятки.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим, и Верхововые могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Однако сама модель — прозвище + патронимический суффикс — типична для XVI–XVII веков, когда крестьянские и посадские фамилии только начинали закрепляться.