Фамилия Верхрацкий — редкий случай среди славянских фамилий, где географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. В отличие от массы фамилий на -ский, образованных от названий деревень, здесь корень «верхр-» наводит на мысль о топографическом прозвище: «тот, кто живёт на верхнем краю, на верху оврага, у верхнего рва». Если разложить слово на части, то «верх» указывает на возвышенность или верхнюю часть поселения, а «-рац-» — возможный диалектный вариант корня «рак» (овраг, рытвина) или «раца» (в западнорусских говорах — промоина, крутой берег). Таким образом, Верхрацкий — «живущий у верхнего оврага» или «пришедший из села Верхний Ров».

Суффикс -ский в XVI–XVII веках закрепился за польской шляхтой и русским служилым дворянством, но массово перешёл в крестьянскую среду, когда после отмены крепостного права в 1861 году в церковных книгах записывали фамилии по названию деревни, где человек родился. В случае Верхрацкого модель типично польская или западнорусская: от географического названия с основой «Верхр-». В Польше и на Украине встречаются сёла с похожими названиями — Верхрата, Верхрада, Верхрув. Если фамилия польского происхождения, то Верхрацкий мог означать «шляхтич из Верхрат» (в Подкарпатском воеводстве есть село Верхрата). Если же она из западнорусских земель (Белоруссия, Смоленщина), то основа та же, но с местным диалектным произношением.

Версия, что фамилия произошла от прозвища Верхрач («тот, кто верхом на раке»), — народная этимология, не выдерживающая критики: в русской ономастике нет продуктивной модели образования фамилий от глагольных форм с суффиксом -ач, да и смысл такого прозвища абсурден. Более правдоподобно, что Верхрацкий — вариант фамилии Верхратский, где «-ат-» — типичный топонимический суффикс (ср. Загратский, Подгратский), а «-ц-» в Верхрацком возникло из-за упрощения произношения или ошибки писаря.

Фамилия крайне редкая. В современных адресных базах России она встречается единично, в основном на юге и западе страны, что косвенно подтверждает её западнорусское или польско-украинское происхождение. Носители Верхрацких могли быть как мелкими землевладельцами (шляхта), так и крестьянами, получившими фамилию по месту жительства. Точных исторических записей о фамилии в открытых источниках нет, что неудивительно для столь редкого антропонима.