Фамилия Вихристенко образована по распространённой в украинской и белорусской традиции модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок». Буквально Вихристенко — «сын Вихриста». Основа фамилии — прозвище Вихрист.

Прозвище Вихрист, скорее всего, было дано в насмешку. Слово «вихрист» в южнорусских говорах имело два основных значения. Первое, прямое, — «иноверец», «католик» или «поляк» (от искажённого «христ» в значении «христианин», но с пренебрежительным оттенком). Второе, переносное, — человек, который носил маску благочестивого, набожного человека, то есть ханжа или лицемер. Позже прозвище Вихрист закрепилось за родом и полностью заменило первоначальное наследственное имя как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на севере и в центре России, фамилии на -енко характерны для Левобережной Украины, Полтавщины, Слобожанщины и юга Белгородской области. Поэтому предки Вихристенко, скорее всего, были выходцами из казачьей среды или крестьян этих территорий. Сама фамилия редкая: в словарях и базах данных она встречается единично, что говорит о её локальном происхождении — от одного конкретного рода, а не от массового прозвища.

Сравните с однокоренными фамилиями: Вихров (от «вихорь» — ветер) и Вихрев — это совершенно разные корни. Вихристенко не имеет отношения к «вихрю»; его корень — именно «христ», с приставкой вы-/ви- в значении «выдающий себя за кого-то» или «отличный от других». Так что основа фамилии — не природное явление, а социальная или религиозная характеристика человека.