Фамилия Выхристенко образована по той же модели, что и множество украинских фамилий на -енко. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький» или «сын»: Выхристенко — сын Выхриста. Основа фамилии — прозвище Выхрист. Слово «выхрист» в старину звучало резко и неодобрительно. Так в насмешку называли крещёного иноверца — например, еврея, принявшего православие, или татарина, перешедшего в христианство. В народной среде к такому переходу часто относились настороженно, и прозвище закреплялось за человеком или его семьёй как память о происхождении.

Впрочем, существует и вторая версия: прозвище могли дать не за реальную смену веры, а за внешнее поведение. Выхристом называли того, кто на людях подчёркнуто демонстрировал набожность, «выхрищивал» благочестие — то есть, по мнению окружающих, носил маску верующего человека, а в быту вёл себя иначе. В таком случае прозвище было скорее укоризненным, чем констатирующим факт.

Фамилия Выхристенко почти не встречается в центральных и северных русских губерниях. Её ареал — юг России и восток Украины, особенно бывшие земли Слобожанщины (Харьковская, Сумская области, юг Воронежской и Курской областей). Там фамилии на -енко были самым массовым типом, а прозвища, связанные с верой и её сменой, — не редкость в среде, где веками жили рядом православные, католики, иудеи и мусульмане.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять, что прозвище Выхрист не было единичным: в украинских метриках встречаются Выхрищенко, Выхристов, а также фамилия Выхристюк, где суффикс -юк указывает на западноукраинское происхождение. Все они восходят к одному и тому же корню, но разошлись географически.