Фамилия Вилигжанина — редкий случай, когда ударение в женском варианте падает на четвёртый слог: Вилигжа́нина. Мужская форма — Вилигжа́нин. Сразу бросается в глаза нестандартный для русских фамилий суффикс -анин, который обычно указывает на принадлежность к местности или группе людей по происхождению (ср. рижанин, парижанин, волжанин). Однако в фамилиях этот суффикс встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и почти всегда указывает на прозвище, образованное от географического названия или этнонима.

Основа фамилии — Вилигжа. Скорее всего, это искажённое или диалектное произношение названия народа «вепсы» (исторически — весь, вепсяне, вепс). В северных говорах, особенно в Архангельской и Вологодской областях, звук «п» мог переходить в «г» или выпадать, а «с» смягчаться. Таким образом, вепс → вепжа → вилигжа — вполне возможная цепочка. Прозвище Вилигжа могли дать человеку, который происходил из вепсских земель или имел характерные черты, связывавшие его с этим народом.

Вторая версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на существование: основа от финно-угорского личного имени. В коми-пермяцком и удмуртском языках есть корни «виль» (новый) и «ыж» (овца), что могло сложиться в прозвище «новая овца» или «молодой ягнёнок». Но для фамилии, распространённой в русской среде, такой вариант менее типичен.

География бытования фамилии подтверждает первую версию. Основные очаги фамилии Вилигжанины — Кировская область, Пермский край, Удмуртия. Это как раз зона исторического расселения финно-угорских народов и активных контактов русского населения с вепсами, удмуртами и коми. Встречаются Вилигжанины и на Урале, куда переселенцы двигались в XVII–XVIII веках.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную словообразовательную модель. Суффикс -анин в русских фамилиях постепенно вытеснялся более продуктивными -ов и -ин. Его сохранение в фамилии Вилигжанин говорит о том, что прозвище закрепилось как фамилия достаточно рано, возможно, ещё в XV–XVI веках, когда модель «прозвище + -анин» была живой и понятной. Если бы фамилия возникла позже, она, скорее всего, звучала бы как Вилигжин или Вилигжов.

Таким образом, носитель фамилии Вилигжанин, скорее всего, потомок человека, которого в русской деревне прозвали «вепсом» или «выходцем из вепсских земель». Фамилия — редкий ономастический маркер, сохранивший память о контактах славянского и финно-угорского населения Севера и Приуралья.