Фамилия Вилькина — женская форма фамилии Вилькин. В основе, скорее всего, лежит имя Вилька, которое в русской традиции было уменьшительной формой от нескольких крестильных имён: Вильгельм, Владимир или даже Виталий. В XIX веке имя Вильгельм встречалось у немцев и обрусевших немцев, а также у дворян, поэтому фамилия Вилькин могла возникнуть в среде, где немецкое влияние было заметным.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Вилькин — значит «сын Вильки» или «человек из семьи Вильки». Такие фамилии на -ин типичны для северных и центральных губерний России, где отчество или прозвище отца превращалось в родовое имя.

Интересная деталь: фамилия Вилькина встречается в документах, связанных с еврейскими общинами Беларуси и Украины, особенно в Витебской и Могилёвской губерниях. У евреев имя Вилька могло быть вариантом имени Вольф (волк) или уменьшительным от Вильям. В таком случае фамилия отражает прозвище, данное по внешности или характеру.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с топонимом Вильки — так назывались деревни в Литве и Польше. Тогда Вилькины — выходцы из этих мест. Но для русского уха такое объяснение звучит натянуто: суффикс -ин обычно не образует фамилии от названий поселений, это скорее польская или литовская модель.

В любом случае, фамилия Вилькина — нечастая, и её носители, скорее всего, происходят из смешанной среды, где переплелись славянские, немецкие и еврейские корни.