Фамилия Вилькова — женская форма от Вильков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён. Основа «Вильк» — вот где начинается самое интересное.

Самый прямой путь к происхождению — прозвище Вилька. В северных и сибирских говорах «ви́лька» — это не столовая вилка, а раздвоенный предмет, например, развилина дерева или разветвление реки. Человек с таким прозвищем мог получить его из-за внешности (кривые ноги, раздвоенная борода) или особенности характера (нерешительный, «развилистый» ум). Параллель — фамилия Вилкин, но у Вилькова суффикс указывает на более старую, патронимическую форму: «чей?» — Вильков, то есть сын Вилька.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В польском и украинском языках «вілька» — уменьшительное от «воля» (свобода). Тогда Вилько — это человек, получивший вольную, отпущенный на свободу крестьянин. Фамилия могла появиться в западных регионах, где польское влияние было сильным. Однако для русской фамилии с окончанием -ова эта версия менее вероятна: в польской традиции чаще встречалась бы форма Вильковская.

Географически фамилия Вилькова не привязана к одной области. Она встречается и в Вологодчине, и на Урале, и в Сибири — как раз там, где слово «вилька» в значении «развилка» было в ходу. Редкая особенность: ударение в фамилии может падать как на первый слог (Ви́лькова), так и на второй (Вилько́ва). В первом случае акцент на корне подтверждает связь с прозвищем, во втором — фамилия звучит как притяжательное прилагательное от женского имени Вилька (редкая форма от Вильгельмина или Виолетта), но это уже единичные случаи.

Однокоренные фамилии — Вильков, Вилькин, Вилько. Если ваш предок носил фамилию Вильков, он с большой вероятностью был либо жителем северной деревни с характерным прозвищем, либо потомком крестьянина, получившего вольную на западных землях. Спор между этими версиями решает регион: чем ближе к Архангельску, тем вернее первая.