Фамилия Вилькоцкий — хороший пример того, как географическое имя превратилось в родовое. Её основа — топоним, то есть название места. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с корнем «Вильк-». Таких названий на восточнославянских землях немного, и это сразу сужает круг поиска.

Самая вероятная версия связывает фамилию с польским или белорусским селом Вилько (Wilko) или Вильковичи. Суффикс «-цк-» в фамилиях на «-ский» указывает на происхождение из конкретного места: «вилькоцкий» буквально значит «тот, кто из Вилька». Такая модель типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой, но не стоит думать, что все носители обязательно были дворянами — крестьяне и мещане тоже часто брали фамилию по месту жительства.

Корень «вильк-» в польском и белорусском языках означает «волк». Так что название села могло быть связано либо с обилием волков в округе, либо с прозвищем первопоселенца. Впрочем, фамилия не обязательно восходит напрямую к зверю: она вторична, образована от топонима, а не от прозвища «Вилк».

Сравнение с похожими фамилиями — Вилков, Вильковский, Вилькович — показывает, что Вилькоцкий стоит особняком. В нём нет суффикса принадлежности «-ов» или «-ин», а есть именно территориальный суффикс. Это значит, что предок не был «сыном Вилька» (прозвища), а был «человеком из Вилька». Такие фамилии реже встречаются у крестьян центральной России и чаще — у жителей западных губерний: Гродненской, Минской, Виленской.

Встречаются варианты написания: Вилькоцкий и Вилькотский. Второй — результат оглушения «ц» в «т» в некоторых говорах, но исходная форма именно через «ц». Фамилия нечастотная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если знать, что предки носили её, можно довольно точно определить регион их выхода.