Фамилия Винидиктов — не самостоятельное образование, а фонетический вариант более распространённой фамилии Венедиктов. Разница в первой гласной объясняется просто: в русских говорах, особенно в условиях аканья (когда безударное «о» произносится как «а»), имя Венедикт на слух превращалось в «Винидикт». Письменная форма закрепила это народное произношение.

В основе фамилии лежит мужское имя Венедикт, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Латинское Benedictus означает «благословенный», «тот, о ком хорошо говорят». В отличие от многих календарных имён, Венедикт не был широко распространён среди простого народа — его чаще давали в церковной и монашеской среде, а также в образованных слоях. Поэтому фамилии Винидиктов и Венедиктов встречаются реже, чем, скажем, Ивановы или Петровы.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе имени Венедикт (в народной форме Винидикт) добавили патронимический суффикс -ов. Первоначальное значение: «сын Венедикта» или «потомок Венедикта». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственное родовое имя.

Интересно, что в дореволюционных метрических книгах и переписях одну и ту же семью могли записать то как Венедиктовы, то как Винидиктовы — в зависимости от грамотности писаря и местных диалектных особенностей. Это делает фамилию не просто «искажённой», а живым свидетельством русской фонетической истории. Встречается она в основном в центральных и южных регионах России, где аканье было нормой.