Фамилия Винедиктов образована от полной формы канонического мужского имени Венедикт (в старой орфографии — Винедикт). В святцах оно закрепилось через церковнославянское посредничество, где начальное «Вене-» нередко передавалось как «Вине-». Такое написание — не ошибка, а следствие живой народной традиции произношения и записи имени, которое восходит к латинскому Benedictus — «благословенный». По той же модели, что и фамилия Винедиктов, в ономастике восточных, западных и южных славян широко представлены именования, образованные от полных форм крестильных имён.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Винедикт прибавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Винедиктов сын). Фамилии на -ов типичны для русского севера, центральных областей и Поволжья, где они вытеснили более ранние формы на -ин и -ский. Встречаются также варианты написания: Венедиктов и, реже, Винидиктов. Второй вариант мог возникнуть под влиянием южнорусского акающего произношения.

Поскольку имя Венедикт (Винедикт) в дореволюционной России давали при крещении, его носителями могли быть люди любого сословия — от крестьян до купечества и духовенства. Однако закрепившаяся в фамилии форма Винедиктов чаще встречается в документах XVII–XVIII веков у посадских людей и крестьян из центральных губерний. Это позволяет предположить, что предок Винедиктовых был либо крещёным по святцам, либо получил имя в честь святого Венедикта Нурсийского, почитаемого и в православной, и в католической традиции. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, Винедиктов прямо указывает на христианское имя родоначальника, без дополнительных смысловых наслоений.