Фамилия Вишневкин — один из тех случаев, когда суффикс говорит о происхождении больше, чем корень. Корень «вишнев-» очевидно связан с вишней, но форма на -кин сразу указывает на то, что перед нами не прямая «вишнёвая» фамилия, а «чей-то» вариант. Суффикс -ин (а после заднеязычных к, г, х он переходит в -кин) в русских фамилиях означает принадлежность: «сын такого-то» или «человек из семьи такого-то». То есть Вишневкин — это не «тот, кто торгует вишней», а потомок человека по прозвищу или имени Вишневка.

Сама основа «Вишневк-» вряд ли восходит к названию ягоды напрямую. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Вишнёвка — так могли называть человека с румяным, «вишнёвым» лицом, либо того, кто жил в местности, богатой вишнёвыми садами (сравните с названиями сёл Вишнёвка). В русской ономастике фамилии на -кин часто образовывались от женских имён или прозвищ (например, Марьин, Катькин), но в случае с Вишневкиным это маловероятно: «Вишневка» звучит скорее как прозвище мужчины, а не женщины.

Интересная деталь: фамилия редкая по своей модели. Обычно от «вишни» образуют фамилии Вишневский (польско-украинский вариант, через суффикс -ский) или Вишняков (от слова «вишняк» — вишнёвый сад). Вишневкин стоит особняком: суффикс -кин характерен для северных и центральных областей России (Ярославская, Вологодская, Костромская губернии), где фамилии на -ов и -ев были менее распространены. Это даёт намёк на географию: предки носителей фамилии, вероятно, жили в тех краях.

Встречается и другая версия, менее правдоподобная: будто бы фамилия произошла от слова «вишневка» — вишнёвой наливки. Прозвище могли дать любителю этого напитка, но в таком случае логичнее была бы фамилия Вишнёвкин (с буквой ё), а в написании Вишневкин ударение обычно падает на второй слог, что сближает её именно с названием села или прозвищем, а не с напитком. Так что основная рабочая гипотеза — прозвище по месту жительства или внешности, перешедшее в фамилию через форму «чей сын?» — Вишневкин.