Фамилия Витковицкий — одна из тех, что сразу выдают географические корни носителя. Её основа — топоним, то есть название места, а суффикс «-цкий» указывает на дворянское или шляхетское происхождение владельца. Такие фамилии, по Б. Унбегауну, типичны для польской и западнорусской знати: их давали по названию родового поместья или местечка.

В основе лежит имя Витко — уменьшительная форма от славянского имени Вит (в польской традиции — Wit). Это краткая версия от Витольд или Витозар, либо от латинского Vitus (Вит, святой Вит). Суффикс «-овиц» (Витковиц-) превращает личное имя в название поселения: Витковице — типичный для Польши и Западной Украины топоним. Таких деревень несколько: в Силезии, в Малопольше, на Волыни. Фамилию Витковицкий получал тот, кто владел землёй в Витковицах или происходил оттуда.

Редкость фамилии в том, что она сохранила полную форму с «-цкий», а не редуцировалась до Витковский (как часто бывало в русской среде). Это говорит о том, что предки, скорее всего, были польскими шляхтичами или православными дворянами Речи Посполитой. Сословный барьер здесь очевиден: крестьянам в Польше такие фамилии давали редко, разве что по прозвищу или отцу, но с суффиксом «-ский» — почти исключительно землевладельцам.

В русском контексте фамилия могла появиться после разделов Польши, когда шляхта переходила на службу Российской империи. Ударение, судя по аналогиям, падает на второй слог: Витко́вицкий. Других версий происхождения, кроме топонимической, нет — имя Витко не было ни ремеслом, ни прозвищем, а значит, искать тут иной смысл не стоит.