Фамилия Витковкий — редкий и, скорее всего, ошибочный вариант написания. Если вы встретили её в документах или семейных архивах, почти наверняка перед вами искажение фамилии Витковский. Причина проста: в русском языке суффикс -ск- принадлежит прилагательным, а фамилии на -кий исторически образовывались от основ на -к- (Короткий от «короткий», Тонкий от «тонкий»). Основа Витков- не даёт такого прилагательного, поэтому грамотная форма — только через -ский.

Витковский — типичная польская или западнорусская фамилия, образованная от названия населённого пункта. В Польше и на землях бывшей Речи Посполитой существуют села Виткув (Witków), Витковице (Witkowice) или Витково (Witkowo). Суффикс -ский/-цкий в таких фамилиях указывал на дворянское или шляхетское происхождение: «Витковский» буквально означает «тот, кто из Виткова». В XIX веке, после разделов Польши, эта модель распространилась и на крестьян, у которых фамилию записывали по месту жительства.

Корень Вит- восходит либо к древнеславянскому имени Вит (сокращение от Витослав, Витомир), либо к польскому прозвищу Wit — «остроумный, весёлый». В редких случаях возможна связь с литовским vyti — «гнать», но для фамилий на -ский это менее характерно.

В России фамилия Витковский встречается в западных областях — Брянской, Смоленской, Псковской, а также в Сибири (куда ссылали участников польских восстаний). Носителей варианта Витковкий практически нет: поиск по базам данных выдаёт единичные записи, которые, скорее всего, являются описками писцов или ошибками при паспортизации.

Если вы ищете историю своего рода, начните с проверки документов XIX века. Исходная фамилия почти наверняка писалась через -ский. Ошибка могла закрепиться в советское время, когда при выдаче паспортов не всегда сверяли написание.