Фамилия Витковских — яркий пример севернорусской модели фамильного суффикса. Окончание -их указывает на то, что фамилия закрепилась в родительном падеже множественного числа и в быту отвечала на вопрос «чьи будете?» — Витковских, то есть из семьи Витковских. Такая форма типична для Архангельской, Вологодской, Вятской, Пермской губерний и некоторых районов Сибири, куда переселенцы принесли этот обычай. В центральной и южной России чаще встречается вариант Витковский, образованный по той же основе, но с другим суффиксом.

Основа фамилии — топонимическая. Витковские — это те, кто родом из населённого пункта с названием Витково или Витков. Таких деревень на карте России и Беларуси несколько: например, Витково есть в Вологодской, Костромской, Псковской областях, а также в Беларуси. Название деревни, в свою очередь, происходит от личного имени или прозвища Виток — уменьшительной формы от Виктор (через Вит) или от глагола «вить» (возможно, прозвище мастера по плетению, веревочника). В белорусском и польском языках могло быть влияние корня «вит» — «свет» (сравни с именем Витольд), но для русской фамилии версия с уменьшительным именем надёжнее.

Сословный состав носителей фамилии был смешанным. В документах XVIII–XIX веков Витковские встречаются и среди крестьян (особенно в Вологодской губернии), и среди мещан, и среди духовенства. Суффикс -ский, который есть в основе, часто давали семинаристам при поступлении в училище — по названию села или прихода. Поэтому часть Витковских могла получить фамилию в духовной среде, но для варианта на -их это менее характерно: духовенство обычно носило «семинарские» фамилии на -ский, а -их — это чисто народная, крестьянская привязка.

Однокоренные фамилии — Витков, Витковский, Витковцев, Виткевич. Все они восходят к одному и тому же корню, но различаются по географии и социальному контексту. Витковских — самая редкая из них, и её носители почти наверняка имеют предков с Русского Севера или из Западной Сибири, куда уходили на заработки или по переселению.