Фамилия Водилина — редкий пример, где необычная основа сочетается с типичным женским окончанием. Мужской вариант — Водилин. Вопреки первому впечатлению, корень здесь, скорее всего, не связан с глаголом «водить» или существительным «вода». Ономасты обычно возводят эту фамилию к старинному русскому имени или прозвищу Водила. В словарях древнерусских имён (например, у С. Б. Веселовского) встречается имя Водило, которое могло означать «вожак», «предводитель» или просто «тот, кто ведёт». Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Водилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Водила.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В северных и сибирских говорах словом «водило» называли длинный шест, которым управляют лодкой или плотом (что-то вроде рулевого весла). В этом случае фамилия могла закрепиться за лодочником, паромщиком или бурлаком — человеком, чья работа была связана с управлением речным транспортом. Прозвище перешло в фамилию, минуя стадию полного имени.

Географически фамилия Водилина встречается нечасто, но имеет заметные очаги в Вологодской и Архангельской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает «речную» версию происхождения: именно в этих регионах была развита сплавная и перевозная работа по рекам. Встречаются также варианты с ударением на второй слог — Води́лин, что может указывать на местный говор, где акцент смещался.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна: основа Водил- плюс патронимический суффикс -ин. Она не перешла в разряд дворянских или купеческих — в исторических документах Водилины чаще всего значатся как крестьяне или посадские люди. Если ваши предки носили эту фамилию, с большой вероятностью они были либо речниками, либо потомками человека, которого в округе называли Водилой — за характер или за дело.