Фамилия Водолажная — женская форма фамилии Водолажный. В её основе лежит прозвище Водолажный, которое, скорее всего, связано с профессией водолаза. Слово «водолаз» древнее: так называли людей, нырявших на дно за ценностями задолго до появления скафандров. В «Снегурочке» Островского Мизгирь говорит о «проворных водолазах», добывавших жемчуг. Однако прозвище могло иметь и ироничный оттенок — например, так дразнили человека, который плохо плавал, или оно закрепилось за ним после случая, связанного с водой.

Есть и другая версия: прозвище могли дать по названию местности. В Украине существует несколько деревень с названием Водолага. Такое имя мог получить населённый пункт у речного брода, где для перехода приходилось «лазить в воду». Если предки Водолажных были выходцами из одного из таких сёл, прозвище указывало на их происхождение.

Что характерно для этой фамилии — суффикс -н- в основе. Он образует прилагательное от существительного: водолаз → водолазный. Такая модель типична для прозвищ, которые позже закреплялись в качестве фамилий. Со временем прозвище Водолажный полностью заменило прежнее родовое имя и в быту, и в документах.