Фамилия Водяна — одна из тех, что ставит в тупик: слишком похожа на прилагательное, но с окончанием -а. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть на суффикс. В данном случае это -ян(а) — редкий вариант более частого -ян, который в русских фамилиях встречается в основном на юго-западе, в украинском и белорусском ареалах. Фамилия Водяна, скорее всего, имеет украинские корни, где суффикс -ян (женская форма -яна) мог указывать на принадлежность к роду или на характерный признак.

Основа фамилии — «вода». Самая прямая версия: предка прозвали Водяным. В славянской традиции такое прозвище давали человеку, чья жизнь была тесно связана с водой: рыбак, перевозчик, мельник, лодочник или тот, кто жил у реки или озера. Прозвище могло быть и ироничным — так могли назвать излишне мокрого, потливого человека или того, кто часто мочил одежду. В украинском языке слово «водяний» означает не только «водяной дух», но и «водянистый», что добавляет ещё один оттенок — возможно, прозвище дали за бледный цвет лица или за жидкую, водянистую пищу, которую предпочитал человек.

В русской традиции фамилии на -яна встречаются редко, чаще они оформлялись как Водянов или Водянин. Форма Водяна могла возникнуть как украинский вариант (Водяна — буквально «водяная»), либо как «окающая» запись фамилии Водяной, где под ударением оказалось окончание. В пользу украинского происхождения говорит и то, что в официальных документах Российской империи фамилии на -яна нередко фиксировались у выходцев с Полтавщины, Черниговщины и Подолья.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от имени Водян, которое в древности давали ребёнку, родившемуся в половодье или в день, связанный с водой. Но это скорее народная этимология — прямых исторических подтверждений такому имени нет. Надёжнее считать, что Водяна — это прозвищная фамилия, указывающая на занятие или место жительства предка. Сословно её носители, скорее всего, были крестьянами или казаками — ремесленники, жившие у воды.