Фамилия Водяная — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия, а имя мифологического существа. В славянской традиции водяной — один из главных духов природы, хозяин рек и озёр, который, по поверьям, жил в омутах и под мельничными колёсами. Родители могли наречь ребёнка нецерковным именем Водяной в охранных целях: считалось, что злой дух не тронет того, кто уже назван его именем. Эта практика — давать «плохие» имена от сглаза — была широко распространена в древнерусской среде. Словообразовательная модель проста: суффикс -ой (в мужском роде) превращает прозвище в фамилию, сохраняя исходное звучание. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывают на принадлежность («чей сын»), Водяной — это застывшее прозвище-характеристика, которое не склонялось как прилагательное, а сразу закрепилось в форме именительного падежа. Встречается фамилия преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где культ водяного был особенно силён и где ойконимы с корнем «вод-» встречаются чаще. Вторая, менее вероятная версия — происхождение от топонима: предок мог жить у воды, но тогда фамилия, скорее всего, получила бы суффикс -ский или -ин. Таким образом, мифологическое объяснение выглядит убедительнее, тем более что оно подкреплено антропонимической традицией имён-оберегов.