Фамилия Водяная — это женская форма, а мужская, соответственно, Водяной. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Водяной. Такие «водные» фамилии встречаются нечасто, и их происхождение обычно связывают с местом жительства или с древними народными верованиями.

Самая распространённая версия — охранительная. В языческой традиции имя Водяной давали ребёнку, чтобы обмануть злых духов: мол, это не наш сын, а водяной, не троньте его. Считалось, что такое имя принесёт мальчику здоровье и силу. Потомок человека с таким именем и получал фамилию Водяной (в женском роде — Водяная). Эта версия правдоподобнее, чем бытовая, по которой прозвище давали за жизнь у воды, — уж слишком прямолинейно и редко для фамилии.

Возможен и топонимический след: предок мог переселиться из села или деревни с названием Водяное, Водяная. Такие топонимы есть, например, в Запорожской области Украины и в Краснодарском крае. Тогда фамилия указывала бы на выходца из этих мест.

С точки зрения словообразования фамилия проста: суффикс принадлежности отсутствует, окончание -ая / -ой просто указывает на род и форму прилагательного. В русской ономастике такие фамилии (Белая, Сухая, Кривой) относят к группе «качественных», образованных от прилагательных без дополнительных суффиксов. В данном случае прилагательное произошло от имени существительного «водяной» (дух воды).

Редкость фамилии Водяная объясняется тем, что имя Водяной не было популярным в христианской традиции, а топонимов с этим корнем мало. Встречается она преимущественно на юге России и Украины, где водная стихия и фольклорные персонажи играли большую роль в быту.