Фамилия Водян — редкий пример фамилии, которая сохранилась в исходной, «голой» форме, без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это указывает на то, что перед нами не отчество, а застывшее прозвище или мирское имя, которое перешло к потомкам без изменений. Такая модель встречается в основном в южнорусских и украинских землях, где фамилии на -а, -о, -я или без окончания (как Водян) фиксировались раньше и плотнее, чем на севере.

В основе фамилии лежит мирское имя Водян. В старину так называли водяного — духа, который, по поверьям славян, обитал в реках, озёрах и омутах. Водяного представляли пучеглазым стариком с рыбьим хвостом, зелёными усами и бородой. Ему приписывали власть над русалками и всей речной живностью: считалось, что на дне он пасёт стада своих «коров» — сомов, карпов и другую рыбу.

Зачем родители могли назвать сына Водяном? Вероятно, они желали, чтобы ребёнок находился под покровительством этого могущественного существа. Отношение к водяному было двойственным: он требовал уважения, и за плохое обращение мог испортить мельницу, распугать рыбу или, по поверьям, утащить купальщика на дно. Давая имя Водян, предки как бы заручались защитой духа или задабривали его.

Встречается и другое, более приземлённое объяснение: прозвище Водян могли дать человеку, чья жизнь была тесно связана с водой — рыбаку, лодочнику, паромщику или мельнику. В этом случае фамилия указывает не на мифического покровителя, а на реальное занятие предка.

Сравните с однокоренными фамилиями: Водянов, Водяной, Водяник. Вариант без суффикса (Водян) — самый архаичный. Он не говорит о принадлежности кому-то («чей ты будешь?»), а прямо называет человека: «Вот Водян». Такие фамилии-прозвища в неизменной форме закрепились за потомками, минуя стадию отчества.