Фамилия Водянов по своей модели — типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ов. Это означает, что в её основе лежит личное прозвище или имя Водяной, а сама фамилия буквально отвечала на вопрос «чей?»: сын Водяного.

Сам корень — «вод-» — сразу отсылает к воде, но вот что именно стояло за прозвищем, вопрос неоднозначный. Самая прямая версия — топографическая: предка прозвали Водяным за то, что он жил у реки, озера или болота. Такие прозвища по месту жительства давали часто и охотно: Береговой, Заозёрский, Водяной. В этом случае фамилия указывает на конкретную черту ландшафта, где стояла изба.

Однако есть и другая, более интересная версия, связанная с народными верованиями. Прозвище Водяной могли дать намеренно — как оберег. В дохристианской и даже ранней христианской традиции славяне нередко давали детям «плохие» или «страшные» имена, чтобы отвести от них злых духов. Считалось: назовёшь сына Водяным — нечисть подумает, что он свой, и не тронет. А вырастет он здоровым и красивым, вопреки прозвищу. Эта практика называлась «охранительным» именованием, и она широко известна в ономастике (работы Б. Унбегана, А. Суперанской). Версия с оберегом выглядит правдоподобнее, чем просто бытовое прозвище по водоёму, — уж слишком специфичен образ водяного в славянском фольклоре, чтобы его давали случайно.

Интересно, что фамилия Водянов — не единственная в этом ряду. Есть Водяников (от названия профессии — водяник, мельник на водяной мельнице), Водягин, Водопьянов. Но Водянов стоит особняком: суффикс -ов указывает на прямое отчество, а не на профессиональную принадлежность. То есть предок носителя фамилии был не водяным мельником, а просто человеком, которого звали Водяной.

Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Поволжье и на Дону, где много водоёмов и сильны традиции прозвищного именования. Встречается она и среди казачества, что неудивительно: казаки часто селились по рекам и не чурались ярких, запоминающихся прозвищ.