Фамилия Водянчук образована по западноукраинской модели с суффиксом -чук. Этот суффикс в украинской ономастике указывает на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Водянчук — это «сын Водяного» или «потомок Водяна». Такая модель особенно характерна для Подолья, Волыни, Галичины и Полесья, где фамилии на -чук распространены повсеместно.

Основа фамилии — прозвище Водяной или Водян. В славянской традиции прозвища, образованные от слова «вода», могли относиться к человеку по разным причинам. Самая очевидная — род занятий: водовоз, перевозчик на воде, мельник, рыбак или тот, кто жил у реки. Но прозвище могло быть и ироническим: так могли назвать человека, который много пил воды, боялся воды или, напротив, часто мочился. В украинских говорах «водяний» иногда означало «бледный, водянистый» — по цвету лица.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Водянов), где основа та же, суффикс -чук жёстко привязывает фамилию к украинской антропонимической системе. Водянчук — фамилия, которая почти не встречается в центральной России, но относительно обычна в западных областях Украины, особенно в Хмельницкой, Винницкой и Ровенской областях. В польских метриках XIX века можно найти написание Wodziańczuk — с мягким знаком, что отражает местное произношение.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает разницу в географии и судьбе носителей: Водянов — русская, Водяник — украинская с суффиксом -ик, Водянко — белорусско-украинская с уменьшительным -ко. Водянчук стоит в этом ряду как самая «сыновья» форма, указывающая на конкретное родство: предок этого человека был известен в селе под прозвищем Водяной, и дети пошли по отцу.