Фамилия Водянина образована от прозвища Водяня. Самая прямая версия связывает его со словом «вода»: так могли назвать человека, жившего у реки, озера или колодца. Второй вариант — обережное имя. В древности родители давали детям «плохие» прозвища, чтобы обмануть злых духов и защитить ребёнка от бед. Водяня в этом ряду — имя со значением «водяной», нечто нечистое, чтобы злые силы не позарились на дитя.

Есть и третья, менее очевидная гипотеза. В русских говорах существовало слово «вод» — поводырь, военачальник, коновод или погонщик лошадей. Если прозвище пошло от него, то Водяня мог быть человеком, который водил людей или лошадей, — профессиональное прозвище, закрепившееся за родом.

Фамилия стоит в женской форме, типичной для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Водянина, то есть дочь или жена Водяни. Мужской вариант — Водянин. Встречаются обе формы, и они могут сосуществовать в одном роду.

Водянина — фамилия редкая, но не единичная. Её можно встретить в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает связь с водными объектами и северной традицией бытовых прозвищ.