Фамилия Водянаяа — редкий случай, когда написание само подсказывает, как её не стоит воспринимать. Сдвоенная «а» на конце — почти наверняка опечатка или позднее искажение в документах. Нормативная форма этой фамилии — Водяная, с одной конечной буквой. Встречается она исключительно в женском роде (как и все фамилии на -ая, -яя: Белая, Синяя) и происходит от прозвища или прилагательного, указывающего на связь с водой.

Основа фамилии — прилагательное «водяной». В старину так могли назвать человека, чья жизнь или работа была неразрывно связана с водой: рыбака, лодочника, перевозчика, мельника (водяная мельница), а иногда и бурлака. В некоторых говорах «водяным» называли угрюмого, замкнутого человека или того, кто жил у воды, на болоте. Модель образования проста: от прозвища Водяной через суффикс -ой (с окончанием -ая для женщин) возникла фамилия. Мужской вариант, если он существовал, звучал бы как Водяной — без окончания, по типу фамилий Толстой, Благовой.

Географически фамилия Водяная чаще всего встречается на юге России и Украины, особенно в казачьих областях (Кубань, Дон), где прозвища, связанные с речным бытом, были распространены. В отличие от более частых фамилий Водянов или Водянин (с суффиксами принадлежности), форма Водяная сохранила старое притяжательное значение в женском роде — буквально «жена Водяного» или «дочь Водяного». Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться сначала за женщиной в семье, а потом передаваться по наследству, что для русских фамилий нехарактерно, но встречается в южнорусской и украинской традиции.

Если вы ищете свои корни, обратите внимание на написание в метрических книгах: из-за путаницы с двойной «а» (Водянаяа) и возможной замены на «Водяная» или «Водяной» записи могли быть искажены. Самая правдоподобная версия происхождения — прозвище по занятию или месту жительства у воды, а не по мифическому существу, хотя в народной этимологии связь с водяным духом тоже возможна, но менее вероятна для фамилии.