Фамилия Водянка — редкий пример, где суффикс не указывает на принадлежность отцу или хозяину, а работает как именная основа. В русском языке суффикс -к(а) в фамилиях встречается нечасто, обычно он характерен для украинской или белорусской традиции. Но в данном случае форма на -ка вполне могла закрепиться и в южнорусских говорах. Главный вопрос читателя: откуда она взялась и что означала. Ответ лежит на поверхности — в основе лежит слово «вода», но не в прямом значении, а в переносном, прозвищном.

Вероятнее всего, фамилию дали человеку по его занятию или внешности. «Водянкой» в народе называли водяную мельницу — отсюда прозвище мельника, работавшего на воде. Второй вариант: так могли прозвать человека с бледной, «водянистой» кожей или того, кто жил у воды, постоянно имел с ней дело — бурлака, рыбака, перевозчика. Менее правдоподобна версия о происхождении от названия болезни (водянка): такие прозвища давали неохотно из-за недоброй приметы, но полностью исключать её нельзя — в некоторых говорах «водянкой» называли и просто сырое, болотистое место.

Словообразовательная модель проста: основа «водян-» (от «водяной») плюс суффикс -к(а), который в восточнославянских фамилиях мог выполнять роль уменьшительности или просто фиксировать прозвище в форме, удобной для именования. Фамилия явно недворянская: суффикс -ка почти не встречается в фамилиях высших сословий, зато обычен для крестьянских и казачьих родов. Встречается она преимущественно на юге России и в восточных областях Украины — там, где водяные мельницы были распространены.

Сравните с однокоренными фамилиями: Водянов, Водяников, Водянин. У них суффиксы (-ов, -ик, -ин) указывают на «сына» или «слугу» водяного мельника. Водянка же — прямое прозвище, которое закрепилось за самим носителем, минуя патронимическую модель. Это придаёт фамилии особую конкретность: предок был не просто потомком кого-то, а сам был тем самым Водянкой — мельником, рыбаком или человеком, чья жизнь протекала у воды.