Фамилия Водянкина — женская форма фамилии Водянкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Водянка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Водянкин буквально значит «сын Водянки» или «человек из рода Водянки».

Само слово «водянка» в русских говорах многозначно. В первую очередь на ум приходит болезнь — скопление жидкости в тканях. Но прозвища от названий болезней давали не только больным: часто так называли бледного, одутловатого человека, а иногда — с иронией, здоровяка. Однако более вероятно, что основа лежит в другом значении: водянкой в некоторых регионах называли водяную мельницу, а также человека, который работает у воды или на воде — лодочника, перевозчика, рыбака. В архангельских и вологодских говорах «водянка» — это ещё и небольшая речка, ручей или болотистое место.

Таким образом, предок носительницы фамилии мог жить у воды, работать на воде или получить прозвище по внешнему сходству с «водяным» — бледным или полным человеком. В пользу «географической» версии говорит и то, что фамилия Водянкины встречается в Поволжье и на севере России, где реки и озёра играли ключевую роль в хозяйстве.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Водянов, Водяников, Водин — показывает, что форма Водянкин более редкая и локальная. Суффикс -к- в основе (Водян-к-а) мог придавать прозвищу уменьшительный или пренебрежительный оттенок, что типично для бытовых имён в крестьянской среде. Фамилия недворянская, скорее всего, оформилась в среде государственных или помещичьих крестьян не позднее XVII–XVIII веков, когда закрепилась модель образования фамилий на -ин от прозвищ с конечной -а.