Фамилия Водянков — одна из тех, где за простой звуковой формой скрывается сразу несколько равноправных версий происхождения. Разберём их по порядку, опираясь на словообразовательную модель.

Основа фамилии — прозвище Водянко. Суффикс -к- в нём характерен для украинской и южнорусской традиции: он придавал слову уменьшительно-ласкательный или «бытовой» оттенок. А суффикс -ов в финале фамилии — стандартный русский патронимический (или вотчинный) формант, указывающий на принадлежность: «сын Водянка» или «из рода Водянка».

Первая и самая географически конкретная версия связывает прозвище с топонимом Водяна. Село с таким названием есть на Украине, неподалеку от Полтавы. В этом случае Водянко — прозвище выходца из Водяны, то есть «водянский», переделанное на местный лад. Такая модель (топоним + -к(о) → фамилия) типична для казацких и крестьянских родов, где фамилии часто закреплялись по месту прежнего жительства.

Вторая гипотеза шире: прозвище Водянко могло получить не переселенец из конкретного села, а любой человек, живший у реки, озера, пруда — то есть «у воды». В говорах «водянкой» могли называть и того, кто постоянно имел дело с водой: рыбака, перевозчика, мельника. Здесь прозвище — чисто бытовое, без привязки к названию на карте.

Третья версия — самая неожиданная, но имеющая право на существование. Водянко могло быть так называемым «охранным» именем. В древнерусской и украинской традиции детям иногда давали имена по названиям нечистой силы (Водяной, Домовой, Леший) — считалось, что злые духи не тронут ребёнка, «своего» по имени. Со временем языческая подоплёка забылась, а имя превратилось в прозвище, а затем и в фамилию.

Таким образом, у Водянковых три разных портрета предка: переселенец из полтавского села, житель у воды или человек с «обережным» прозвищем. Какая из версий верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования сказать трудно, но все три укладываются в логику народной ономастики.