Скорее всего, фамилия Водянков образована от прозвища Водянко, которое восходит к топониму Водяна. Населенный пункт с таким названием есть на Украине, неподалеку от Полтавы. Однако прозвище Водянко могло быть и не связано с конкретным названием: его мог получить и просто человек, живший рядом с каким-либо водоемом. Согласно еще одной гипотезе, эта фамилия образована от «охранного» имени Водянко или Водяной.