Фамилия Володя — редкий случай, когда в основе лежит не полное имя, а его уменьшительная форма. В большинстве русских фамилий мы видим корни от Владимир, Володимер или Володька (отсюда Володин, Володькин). Но Володя — это прямая, без суффикса, фиксация краткого имени в качестве фамилии. Такое явление встречается, но нечасто: обычно язык добавлял -ов или -ин, чтобы указать на принадлежность («чей?» — Володин сын). Здесь же модель образования сработала иначе — фамилия просто совпала с именем.

По происхождению это, скорее всего, не крестьянская прозвищная фамилия (там чаще встречаются Володины), а либо поздняя искусственная (например, в семинарской среде, где фамилии давали по имени отца без стандартных суффиксов), либо результат упрощения более длинной формы. В некоторых случаях Володя могло быть прозвищем человека, который сам себя так называл, и это закрепилось в документах. В пользу версии о нестандартном образовании говорит и отсутствие типичного суффикса — это выделяет фамилию среди тысяч Володиных.

Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что тоже косвенно подтверждает её относительно позднее происхождение или неоднократное возникновение в разных местах. Встретить Володю можно и в центральной России, и на Украине, и в Белоруссии, но везде это редкость. Если ваш предок носил фамилию Володя, он, вероятно, был либо выходцем из среды, где фамилии давали по живому имени (духовенство, иногда однодворцы), либо его фамилия — это усечённый вариант, который в быту вытеснил первоначальное Володин.