Фамилия Вологин — одна из тех русских фамилий, в основе которых лежит не имя, а прозвище по месту жительства. Прозвище Волога в старину давали жителю Вологды — города, известного с XIII века. Со временем от этого прозвища и образовалась фамилия: потомка человека по прозвищу Волога стали записывать как Вологин (суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Вологин, то есть сын или потомок Вологи).

Сам топоним Вологда — загадка. Единого мнения о его происхождении нет. По одной версии, название связано со словом «волок» (место, где лодки перетаскивали по суше между реками). По другой — город получил имя от реки Вологи, а это слово, скорее всего, финно-угорского происхождения и означает «чистая вода». Обе гипотезы имеют право на жизнь, но лингвисты чаще склоняются к финно-угорскому следу: на Русском Севере много рек и озёр с названиями, которые не объясняются из славянских языков.

Фамилия Вологин — не самая частая, но устойчиво встречается в северных и центральных областях России, что косвенно подтверждает её связь с Вологодчиной. Интересно, что однокоренных фамилий немного: Вологов, Вологдин (от названия города через прилагательное). Вологин стоит особняком — он образован именно от прозвища, а не напрямую от топонима.

Так что, скорее всего, предки носителей фамилии Вологин были людьми, которые либо родились в Вологде, либо долго там жили, и окружающие запомнили их по этой примете. Фамилия не несёт в себе ни ремесла, ни сословного оттенка — только географическую привязку, которая закрепилась в родовом имени.