Фамилия Вологженинов — один из тех редких случаев, когда географическое прозвище застыло не в привычной форме на -ов или -ский, а с нестандартным суффиксом -енинов. Это сразу выделяет её из ряда «Вологда — Вологдин — Вологжанинов».

Разберём по косточкам. Основа — «Вологженин». В древнерусском языке житель Вологды назывался именно «вологженин» (ср.: «москвитин», «тверитин»). Суффикс -енинов здесь выполняет роль патронимического: он указывает на принадлежность к роду некоего Вологженина. То есть предок носителя фамилии был сыном человека, которого в документах или в быту прозвали Вологжениным — выходцем из Вологды. Сама фамилия образовалась, когда к этому прозвищу добавили родовой суффикс -ов: Вологженинов.

Географическая привязка надёжная. Вологодчина — старый русский Север, край, откуда выходили торговые люди, ремесленники и крестьяне, осваивавшие новые земли. Фамилия могла возникнуть не только в самой Вологде, но и в любом месте, куда переселился «вологженин» — например, в Приуралье или Сибири, куда в XVII–XVIII веках активно шли переселенцы с Севера. Поэтому носители фамилии встречаются не только в Вологодской области, но и в Пермском крае, на Урале.

Словообразовательная модель редкая. Обычно от названия города фамилии образовывались через суффикс -ин (Вологдин) или -ский (Вологодский). Вариант на -енинов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Москвитинов, Тверитинов, Пермитинов — все они указывают на происхождение из конкретного города, но с архаичным суффиксом, который в современном языке уже не продуктивен. Это делает фамилию Вологженинов своеобразным маркером древности и северных корней рода.

Сословно фамилия не была закреплена за дворянством — это типичная крестьянская или купеческая фамилия, образованная от прозвища по месту выхода. В документах XIX века она встречается в основном среди государственных крестьян и мещан северных губерний.